IAIN Langsa dalam penyelenggaraan pendidikan menerapkan sistem pembelajaran yang memadukan perkuliahan tatap muka dengan pemanfaatan teknologi pembelajaran. Proses belajar mengajar dilaksanakan melalui kegiatan perkuliahan di kelas, diskusi, presentasi, praktik, serta pemanfaatan media pembelajaran digital seperti bahan ajar elektronik, video pembelajaran, dan platform pembelajaran daring. Melalui pendekatan ini, mahasiswa didorong untuk aktif dalam proses pembelajaran, baik secara mandiri maupun melalui interaksi langsung dengan dosen dan sesama mahasiswa. Dosen berperan memberikan arahan, penjelasan, serta bimbingan akademik agar mahasiswa dapat memahami materi perkuliahan secara lebih mendalam. Selain itu, berbagai metode evaluasi juga digunakan untuk mengukur pemahaman mahasiswa, seperti tugas mata kuliah, presentasi, ujian tengah semester, dan ujian akhir semester.
Seperti halnya perguruan tinggi pada umumnya di Indonesia, IAIN Langsa juga menerapkan Sistem Kredit Semester (SKS) dalam mengatur beban studi mahasiswa. Dalam sistem ini, setiap mata kuliah memiliki bobot tertentu yang dinyatakan dalam satuan kredit semester, yang menunjukkan jumlah kegiatan belajar yang harus ditempuh oleh mahasiswa. Satu semester merupakan satuan waktu kegiatan akademik yang umumnya berlangsung selama kurang lebih 16 minggu, termasuk kegiatan perkuliahan, tugas terstruktur, serta evaluasi pembelajaran. Melalui sistem ini, mahasiswa diharapkan dapat merencanakan beban studi secara seimbang sesuai dengan kemampuan akademik masing-masing, sehingga proses pembelajaran dapat berlangsung secara efektif dan mendukung pencapaian kompetensi yang telah ditetapkan dalam kurikulum program studi.